Le microbiote intestinal

Notre tube digestif héberge un véritable écosystème : des dizaines de milliers de milliards de bactéries, accompagnées d’archées, de levures, de virus (surtout des bactériophages) et parfois de parasites. Longtemps appelé « flore intestinale », ce peuplement est aujourd’hui considéré comme un partenaire à part entière de l’organisme. Son étude a connu un essor considérable depuis les années 2000 grâce au séquençage de l’ADN, qui permet d’identifier les microbes sans avoir à les cultiver.

Le microbiote en chiffres

La concentration varie fortement le long du tube digestif : très faible dans l’estomac, en raison de l’acidité, elle atteint dans le côlon des densités parmi les plus élevées connues dans la nature.

De quoi est-il composé ?

Quatre grands groupes (embranchements) de bactéries dominent le microbiote intestinal de l’adulte :

• les Bacillota (anciennement Firmicutes) ;
• les Bacteroidota (anciennement Bacteroidetes) ;
• les Actinomycetota, dont les bifidobactéries, abondantes chez le nourrisson allaité ;
• les Pseudomonadota (anciennement Proteobacteria), dont Escherichia coli, minoritaires chez l’adulte en bonne santé.

Chaque personne a un microbiote unique, une sorte d’empreinte, mais les grandes fonctions sont assurées chez tous. La plupart des bactéries intestinales sont anaérobies : elles ne supportent pas l’oxygène.

Comment se constitue-t-il ?

L’intestin du fœtus est considéré comme pratiquement stérile. La colonisation commence à la naissance :

• un bébé né par voie basse reçoit d’abord des bactéries du vagin et de l’intestin de sa mère ; un bébé né par césarienne, des bactéries de la peau et de l’environnement ;
• l’allaitement favorise les bifidobactéries, nourries par les sucres complexes du lait maternel ;
• la diversification alimentaire enrichit fortement le microbiote ;
• vers l’âge de 2 à 3 ans, sa composition se rapproche de celle d’un adulte.

Il reste ensuite relativement stable, mais il est influencé par l’alimentation, les médicaments (surtout les antibiotiques), l’âge, les maladies et le mode de vie.

À quoi sert le microbiote intestinal ?

Digestion et nutrition

Les bactéries digèrent les fibres alimentaires que nos enzymes ne savent pas dégrader (cellulose, inuline, amidon résistant). Leur fermentation produit des acides gras à chaîne courte (acétate, propionate, butyrate) : le butyrate est la principale source d’énergie des cellules qui tapissent le côlon. Le microbiote synthétise aussi certaines vitamines (vitamine K, vitamines du groupe B) et participe au métabolisme des acides biliaires et de nombreux médicaments.

Protection contre les pathogènes

En occupant l’espace et en consommant les nutriments, les bactéries résidentes empêchent les microbes dangereux de s’installer : c’est l'effet barrière. Certaines produisent des substances antimicrobiennes.

Éducation du système immunitaire

L’intestin abrite une grande partie des cellules immunitaires du corps. Le contact précoce avec le microbiote apprend au système immunitaire à tolérer les bactéries utiles et les aliments, tout en réagissant aux pathogènes. Le microbiote renforce aussi l’étanchéité de la paroi intestinale.

L’axe intestin-cerveau

L’intestin et le cerveau communiquent par le nerf vague, les hormones et des molécules produites par les bactéries. Chez l’animal, modifier le microbiote change certains comportements. Chez l’humain, des associations sont observées avec la dépression ou l’anxiété, mais les liens de cause à effet restent à établir : c’est un domaine de recherche, pas encore une base de traitement.

Dysbiose : quand l’équilibre est rompu

On appelle dysbiose une altération de la composition ou de la diversité du microbiote. Elle peut être causée par une alimentation pauvre en fibres, un traitement antibiotique, une infection ou certaines maladies. Elle est associée à :

• l’infection récidivante à Clostridioides difficile, qui survient souvent après des antibiotiques ;
• les maladies inflammatoires chroniques de l’intestin (maladie de Crohn, rectocolite hémorragique) ;
• le syndrome de l’intestin irritable ;
• l’obésité, le diabète de type 2 et certaines maladies métaboliques.

Dans la plupart de ces cas, on ne sait pas encore si la dysbiose est une cause, une conséquence ou les deux.

Probiotiques, prébiotiques et transplantation fécale

Comment prendre soin de son microbiote ?

Les mesures les mieux étayées sont simples :

• manger varié et riche en fibres (légumes, fruits, légumineuses, céréales complètes, oléagineux) : la diversité de l’alimentation favorise la diversité du microbiote ;
• limiter les aliments ultra-transformés ;
• ne prendre des antibiotiques que sur prescription médicale, uniquement contre les infections bactériennes (voir virus et bactéries).

Les tests de microbiote vendus en ligne ne permettent pas, en l’état des connaissances, de poser un diagnostic ni de choisir un traitement. Tout trouble digestif persistant doit être examiné par un médecin.

Questions fréquentes

Quelle est la différence entre microbiote et flore intestinale ?

Aucune sur le fond : « flore intestinale » est l’ancienne appellation, abandonnée car les bactéries ne sont pas des plantes. « Microbiote intestinal » est le terme scientifique actuel.

Les antibiotiques détruisent-ils le microbiote ?

Ils le perturbent fortement en réduisant sa diversité. Il se reconstitue en grande partie en quelques semaines, mais certaines espèces peuvent mettre des mois à revenir, voire disparaître. C’est une raison de plus de ne pas en prendre sans nécessité.

A-t-on vraiment 2 kg de bactéries dans l’intestin ?

Non. Ce chiffre, souvent répété, reposait sur des estimations anciennes. Les calculs publiés en 2016 évaluent la masse des bactéries du corps à environ 200 grammes.

Le microbiote est-il héréditaire ?

Il n’est pas transmis par les gènes, mais en grande partie par la mère à la naissance puis par l’environnement familial. Les gènes de l’hôte n’influencent que modestement sa composition ; l’alimentation et le mode de vie pèsent davantage.